一、大學部課程
本系教育目標在培養國民小學特殊教育師資，課程安排以充實特殊教育專業理論，提升特殊教育教學知能，期能理論與實務相結合，造就優質之國民小學特殊教育師資。在課程規劃上， 欲取得國小特殊教育師資職前教育學分者，4年內須修滿128學分，包含通識課程（28學分）、院共同課程（6學分）外、本系基礎課程(23學分）、核心課程（27學分）專業課程（24學分）、自由選修課程（20學分）。

二、碩士班課程
本所學生依規定修習32學分。課程內容兼顧理論基礎類、特殊教育實務類和研究方法類。
（一）理論基礎類：
必選修6~10學分，開設科目有特殊教育理論基礎、特殊教育名著選讀、學習心理學研究、創造思考教學策略、特殊教育思潮、特殊教育課程設計、身心障礙者教學策略、生涯發展與規劃。
（二）實習實務類：
必選修12~20學分，開設科目有特殊教育實習、資源教室的理論與實務、自閉症專題研究、學習障礙專題研究、智能障礙專題研究、情緒障礙專題研究、聽覺障礙專題研究、特殊教育個案研究、多重障礙專題研究、資優教育專題研究、人格心理學專題研究、變態心理學專題研究、特殊幼兒教育專題研究。
（三）研究方法類：
必選修9~12學分，開設科目有研究方法論、高等教育統計學、論文寫作、質的研究、教育與心理評量、電腦統計套裝軟體在特殊教育之應用。